これまで埋蔵文化財調査センターが実施してきた調査によって発見された土器や石器、鉄器、木器、そして調査の記録・写真類など、さまざまな資料は、埋蔵文化財調査センターにおいて保管されています。これらの収蔵資料に関しては、研究者や学生・院生による調査・閲覧、出版物や特別展などへの貸し出しなどに対して、正式な依頼書をいただいたうえで便宜をはかっております。また、国内外の埋蔵文化財の調査・研究をおこなっている関係機関から寄贈された図書資料についても収蔵し、教育・研究に活用しております。